小昭寺历史上几经火焚，现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。顶层是汉式金瓦，金光闪闪，拉萨各个方位均能看到，蔚为壮观。
